万国觉醒支持玩家同时选择并操控多个队伍，这是游戏核心策略玩法的重要组成部分，但这一功能的实现与开放程度直接取决于玩家主城（市政厅）的等级。游戏初期，玩家通常只能控制一支队伍，市政厅等级的提升，可同时操控的队伍数量会逐步增加。当市政厅达到10至15级时，可解锁并控制3支队伍；提升至16至20级，则可操控第4支队伍；而想要解锁最高的第5支队伍操控权限，则需要将市政厅等级提升至22级或以上。追求多线操作和复杂战术的玩家，优先升级主城是首要且基础的任务。
在满足等级条件解锁了多支队伍后，对其进行有效控制依赖于对游戏操作机制的理解与运用。玩家可以在游戏界面最下方的队伍栏快速选择需要调动的部队，通过长按城市或部队并拖动到目标位置来完成部署。在进行野外作战或大规模调度时，双击屏幕上的部队可以选中所有邻近单位，然后一起拖动行动，从而实现多支部队的同步指挥，这项技巧在集结或撤离时能显著提升效率。部分指挥官的天赋和技能也能为多队伍操作带来增益，例如提升行军速度或临时增加队列，合理利用这些特长能使多线指挥更为流畅。
多队伍操控机制在游戏的各个玩法层面都有着广泛而关键的应用。在日常的资源采集环节，玩家可以派遣不同的队伍前往多个资源点同时进行采集，极大提升了资源积累的效率。在攻打野蛮人据点、参与日落峡谷或黄金之国等活动中，多支队伍能够分头行动，覆盖更广的区域或应对多线任务。而在联盟战、王国战（KVK）等大型战略性战役中，多队伍操控更是战术执行的核心，例如可以指派部分队伍负责正面集结进攻，另一部分队伍进行迂回骚扰敌方后排或资源点，同时保留队伍进行驻防，从而实现攻守兼备与战力最大化利用。
尽管同时操控多支队伍能带来显著的战术灵活性，但这也对玩家的资源管理、时间协调与宏观规划能力提出了更高要求。多队伍同时行动会消耗大量的行动力，因此需要错开高消耗行动的节奏，避免资源枯竭。在兵种搭配上，不同队伍应注重功能互补，例如主攻队伍与辅助控制队伍采用不同兵种，以形成配合。在大型战役中，多队伍的分工必须明确，并与联盟成员密切协作，根据战场局势实时调整战术，例如在KVK作战中需要密切关注敌方动态并灵活调整己方队伍的战术目标。这意味着多队伍操作并非单纯追求数量，其核心在于精细的规划与实时的策略调整，以实现资源与战力的最优配置。
